目的基于宏基因组二代测序（mNGS）数据，分析重症监护室（ICU）感染性疾病患者的病原体分布情况，为临床抗感染治疗提供依据。方法回顾性分析7所综合性三甲医院ICU感染性疾病标本的mNGS报告结果，探讨ICU病原体分布情况。结果收集1 083份感染性疾病标本的mNGS报告，总体检出率为85.50%。病原体种类172种，病原体例数1 334例，检出的细菌的种类和数量最多，其次为病毒。革兰阴性菌例数（60.29%）较革兰阳性菌（39.71%）多，检出数前3位的革兰阴性菌为肺炎克雷伯菌（114例，22.75%）、鲍曼不动杆菌（78例，15.57%）和铜绿假单胞菌（66例，13.17%）；革兰阳性菌为屎肠球菌（68例，20.61%）、纹带棒状杆菌（46例，13.94%）和金黄色葡萄球菌（31例，9.39%）。检出数前3位的真菌为白色念珠菌（79例，40.51%）、耶氏肺孢子菌（32例，16.41%）和近平滑念珠菌（16例，8.21%）。DNA病毒为主要的检出病毒，检出数前3位为巨细胞病毒（71例，27.52%）、人疱疹病毒1型（62例，24.03%）和EB病毒（57例，22.09%）；RNA病毒中检出数前3位为HpgV病毒（13例，43.33%）、人冠状病毒229E型（4例，13.33%）、鼻病毒（3例，10.00%）和人冠状病毒HKU1型（3例，10.00%）。在不典型病原体中，鹦鹉热衣原体检出率最高（11例，55.00%）。结论革兰阴性菌是ICU感染性疾病患者的主要病原体，其次为病毒。动态监测ICU病原体分布情况有助于制定合理有效的抗感染治疗策略。